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高效分離能力：全自動毛細管電泳儀能夠根據樣品中各組分的淌度和分配行為上的差異實現高效分離，適用于多種生物分子的分離，如蛋白質、核酸、糖類等。

自動化操作：儀器通常支持全自動原始管上樣，實現一鍵全自動分析，過程中無須人為干預，減少了操作的復雜性和潛在的人為錯誤。

高分辨率和靈敏度：能夠準確分離多種蛋白及其變異體，有效識別異常病理性信號。一些系統能夠達到高分辨率，例如糖蛋白的毛細管凝膠電泳，分辨率＜200Da。

智能化分析：智能化輔助判讀功能，異常結果自動提示，提高人員工作效率。軟件功能通常包括人性化操作接口，可同時進行定性及定量分析。

多功能性：適配多種血清、血紅蛋白相關檢測項，滿足不同臨床檢驗需求。一些儀器能夠開展血清蛋白電泳、血清免疫分型、血紅蛋白電泳、糖化血紅蛋白等臨床檢驗項目。

靈活性：可拓展外接加樣器，兼容觸屏或PC操作模式，適應不同通量需求的應用場景。

微量樣品消耗：全自動毛細管電泳儀通常只需要極小量的樣品，這對于珍貴的生物樣本尤為重要。

數據結果的分辨率、重復性和定量準確度：使用先進的檢測器，如512像素光電二極管陣列檢測器，可以通過每次分析捕獲更大的數據量，并且強大的信號處理算法可消除背景噪聲，使得每個組分都可以得到分離和量化。

自診斷功能：連續(xù)監(jiān)測毛細管和緩沖液條件，確保數據質量。例如，可以監(jiān)控電滲流（EOF）的問題，優(yōu)化毛細管條件和其他參數，從而在可重復性，分離度和定量方面產生明顯優(yōu)異的數據。

廣泛應用：全自動毛細管電泳儀在生命科學、醫(yī)藥科學、化學等領域有廣泛的應用，包括但不限于臨床檢驗、藥物分析、食品安全、環(huán)境監(jiān)測等。

兼容多種檢測方法：可以與紫外吸收、熒光和質譜法等各種檢測方法兼容，增加了分析的靈活性和準確性。

操作簡便：全自動毛細管電泳儀通常設計為用戶友好，簡化了操作流程，使得用戶能夠快速上手并進行分析。